認証を受けた工場はすべて「認証工場」となり、その中でさらに一定の基準を満たしている工場が「指定工場」になることができます。

「指定工場」になるには、工場の規模や整備士の人数、さらにそのうちの有資格者の人数など厳しい基準があります。

お客様側からこの2つの違いを言うと、工場内で車検が完了するかしないかの違いになります。
「認証工場」は車検のための整備はできますが、その後、車を陸運局に持ち込んで検査をしなければ車検完了になりません。一方、「指定工場」は工場内で車検が行える検査ラインがあるので、車検のための整備をした後に、陸運局に代わって車検ができます。

それで「民間車検場」などとも呼ばれるのですね。